קיימות שיטות שונות לניקוי צינורות סיליקון, וניתן לבחור את שיטת הניקוי המתאימה בהתאם לצרכים ולתנאים שונים. שיטות הניקוי הנפוצות כוללות:
לשטוף עם מים וסבון. הסר את שפופרת הסיליקון מהציוד, רוקן את כל הנוזל שנותר בפנים, השרו אותה במי סבון, שפשפו בעדינות כדי לאפשר למי הסבון לחדור לתוך שפופרת הסיליקון, נקו אותה כעשר דקות, שטפו אותה במים נקיים, ולאחר מכן. יבש באוויר.
לחטא במי חומץ. השרו את צינור הסיליקון במי חומץ, הקפידו לא להשרות אותו זמן רב מדי כדי למנוע קורוזיה. לאחר השרייה של עשר דקות, שטפו במים נקיים והניחו לו להתייבש.
נקה עם חומצה אוקסלית. מתאים להסרת משקעים. השרו את צינור הסיליקון במי חומצה אוקסלית למשך עשר דקות, ולאחר מכן שטפו אותו במים נקיים והניחו לו להתייבש. נא לשים לב לבטיחות.
נקה עם נתרן כלורי. השרו את צינור הסיליקון במי נתרן כלורי למשך עשר דקות, ולאחר מכן שטפו אותו במים נקיים והניחו לו להתייבש. שימו לב לשליטה בריכוז מי הכלור, שכן ריכוז מופרז עלול לשתות את צינורות הסיליקון.
נקה עם חומר ניקוי לשטיפת כלים. שפשפו בעדינות את צינור הסיליקון, ואז שטפו במים נקיים והניחו לו להתייבש בצל.
לשטוף חם במים רותחים. מחממים ושוטפים את שפופרת הסיליקון במים רותחים למשך מספר דקות, היזהרו לא להשתמש במים רותחים כדי למנוע דפורמציה או סדקים, ולאחר מכן יבשו באוויר.
לשטוף עם מלח. מערבבים את צינור הסיליקון עם מלח ומים חמים ומערבבים כמה דקות, ואז שוטפים היטב במים.
השתמש בסודה לשתייה או באקונומיקה לניקוי. מתאים להסרת כתמים וריחות. השרו את צינור הסיליקון בסודה מדוללת או מי אקונומיקה ושטפו היטב.
השתמש בחיטוי אולטרה סגול. השתמש בסטריליזטור UV כדי להקרין את צינור הסיליקון כדי להשיג אפקט עיקור.