למרות שגומי פלואורסיליקון וגומי סיליקון רגיל שייכים לאותה משפחה של גומי סיליקון, יש להם הבדלים משמעותיים במבנה הכימי ובביצועים. גומי פלואורסיליקון הוא גומי סיליקון שונה שנוצר על ידי הכנסת אלמנטים פלואור על בסיס גומי סיליקון רגיל. בגלל ההבדל המבני הזה, גומי פלואורסיליקון מציג כמה תכונות מיוחדות.
קודם כל, לגומי פלואורסיליקון יש עמידות טובה יותר בטמפרטורות גבוהות ונמוכות והוא יכול לעבוד ביציבות בטמפרטורות קיצוניות מ--60 מעלות עד +230 מעלות, בעוד לגומי סיליקון רגיל יש בדרך כלל טווח עמידות בטמפרטורות של {{2} } מעלות עד +200 מעלות . שנית, גומי פלואורסיליקון עמיד בהרבה לכימיקלים כמו שמנים, דלקים וממיסים מאשר גומי סיליקון רגיל, ולכן הוא נמצא בשימוש נרחב בתעשיות התעופה והחלל, תעשיית הרכב והתעשיות הכימיות. למרות שלגומי סיליקון רגיל יש עמידות מצוינת לטמפרטורה, הוא מעט לא מספיק בעמידות לשמן ועמידות כימית. הוא משמש יותר בתחומי אלקטרוניקה, חשמל ואחרים הדורשים בידוד גבוה, רכות ועמידות בפני מזג אוויר.
עם זאת, העלות של גומי פלואורסיליקון גבוהה יותר ותהליך הייצור מורכב יותר. לכן, בתרחישי יישום מסוימים, גומי סיליקון רגיל הוא עדיין בחירה חסכונית ומעשית יותר. הבנת ההבדלים בין שני החומרים הללו יכולה לעזור למהנדסים ולמעצבים לעשות את הבחירה הטובה ביותר עבור יישומים שונים.